Родился 10 августа 1910 года в селе Флора ныне Красноокнянского района Одесской области (Украина) в крестьянской семье. Украинец. В 1911 году его семья в ходе Столыпинской реформы переехала в Большечерниговскую волость (ныне – Самарская область) на вольные земли, где обосновалась на хуторе Флора. Окончил 4 класса.  С 1931 года работал в колхозе. С 1933 по 1935 год проходил действительную срочную службу в армии. После демобилизации  уехал в город Балхаш (Казахстан) на строительство Балхашского медеплавильного завода. После введения в строй завода (1938 год) окончил  школу металлургов и работал на этом заводе загрузчиком отражательных печей. Член ВКП(б)/КПСС с 1939 года.

Вновь призван в армию в 1942 году. В действующей армии с июля 1942 года. В составе 167-й стрелковой дивизии сражался на Брянском, Воронежском, 1-м и 4-м Украинских фронтах. Четырежды ранен.

Отличился при форсировании Днепра.

В ночь на 26 сентября 1943 года на рыбацкой лодке под сильным артиллерийско-минометным и пулеметным огнем  противника преодолел Днепр в районе села Вышгород (ныне город Киевской области). Выйдя на западный берег, вместе с пулеметчиком уничтожил 2 огневые точки врага, чем способствовал переправе остальных подразделений батальона.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 января 1944 года за мужество и героизм, проявленные при форсировании Днепра, Миллеру Петру Климентьевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

После войны демобилизован. Жил в городе Усть-Каменогорск Восточно-Казахстанской области (ныне Республика Казахстан). Работал на свинцово-цинковом комбинате.
Почетный гражданин города Усть-Каменогорск.

Скончался 21 октября 1987 года.

Именем П.К.Миллера названа одна из новых улиц Усть-Каменогорска. На доме, где он жил, установлена мемориальная доска.

Награжден  орденами  Ленина (10.01.1944), Отечественной войны 1-й степени (11.03.1985), Красной Звезды (30.10.1943), Славы 3-й степени (20.12.1944), медалями.

На Воронежском фронте в составе 38-й армии участвовал в Воронежско-Касторненской наступательной операции  (24 января – 2 февраля 1943 года); Харьковской наступательной операции (2 февраля – 3 марта 1943 года) и последующих оборонительных боях в районе города Сумы. Во время Курского сражения его дивизия находилась в обороне восточнее города Сумы, на юго-западной части Курской дуги.

С 26 августа по 30 сентября 1943 года в составе 38-й армии участвовал в Сумско-Прилукской наступательной операции Воронежского фронта, в ходе которой 167-я стрелковая дивизия освобождала Левобережную Украину, в том числе города Сумы и Ромны, 24 сентября форсировала Десну, 28 сентября – Днепр в районе Вышгорода, взяла Вышгород, захватила плацдарм и в течение недели вела на нем ожесточенные бои.

Удержать Вышгородский плацдарм дивизии не удалось. Она была выведена обратно на левый берег Днепра и 8 – 9 октября 1943 года переброшена севернее, на Лютежский плацдарм, на котором вела бои до ноября.

Во время боев на Лютежском плацдарме помощник командира взвода роты противотанковых ружей 465-го стрелкового полка старший сержант П.К.Миллер 12 октября 1943 года в составе своего взвода отбивал неоднократные контратаки противника. Под сильным артиллерийско-минометным огнем в упор расстреливал наступающую пехоту врага, обеспечивая продвижение вперед стрелковых подразделений полка.  Взводом уничтожены 2 станковых и 1 ручной пулемет с расчетами, подбита 1 автомашина, захвачены 2 пароконных подводы с боеприпасами, взято 4 пленных, уничтожено 35 солдат и офицеров. За отличие в этих боях был награжден орденом Красной Звезды.

В составе 38-й армии 1-го Украинского фронта участвовал в Киевской наступательной операции (3 – 13 ноября 1943 года), в ходе которой его дивизия  с Лютежского плацдарма перешла в наступление на Киев в направлении поселка Святошино (ныне – в черте города Киев), прорвала оборону в районе посёлка Пуща-Водица,  6 ноября 1943 года ворвалась на западные и северные окраины города и вела бои на городских улицах вплоть до полного очищения города от войск противника.

В составе 40-й армии с 13 ноября по 22 декабря 1943 года участвовал в Киевской оборонительной операции по отражению контрнаступления противника, пытавшегося прорваться обратно к Киеву, в районе города Фастов Киевской области; затем в Житомирско-Бердичевской наступательной операции (24 декабря 1943 – 14 января 1944 года).

В составе 27-й армии участвовал в Корсунь-Шевченковской наступательной операции (24 января – 17 февраля 1944 года)  и уничтожении корсунь-шевченковской группировки противника.

В дальнейшем 167-я стрелковая дивизия перешла в подчинение 1-й гвардейской армии, в составе которой сражалась до конца войны.

На  1-м Украинском фронте П.К.Миллер участвовал в Проскуровско-Черновицкой наступательной операции (4 марта – 17 апреля 1944 года) и Львовско-Сандомирской стратегической наступательной операции (13 июля – 29  августа 1944 года). в ходе которой его дивизия форсировала Днестр и освободила город Дрогобыч Львовской области.

В августе 1944 года старший сержант П.К.Миллер был назначен парторгом 3-го батальона 465-го стрелкового полка.

На 4-м Украинском фронте участвовал в Восточно-Карпатской стратегической наступательной операции  (8 сентября – 28 октября 1944 года) в ходе которой его дивизия форсировала реку Сан на территории Польши, преодолела Восточные Карпаты и перешла на территорию Словакии, освободила в ноябре город Михаловце.

За  успехи в партийно-политической работе и активное участие в боевых действиях в районе города Санок (Польша), где он, находясь в боевых порядках батальона, поднимал бойцов и шел с ними в атаку. Будучи ранен, не ушел с поля боя до его окончания. Был награжден орденом Славы 3-й степени.

С 12 января по  18 февраля 1945 года участвовал в Западно-Карпатской стратегической наступательной операции и освобождении города Новы-Тарг на территории южной Польши, вблизи  границы со Словакией.

С 10 марта по  5 мая 1945 года участвовал в Моравско-Остравской наступательной операции и освобождении города Моравска-Острава (ныне – Острава) на территории Чехии.

В конце войны участвовал в Пражской наступательной операции (6 – 12  мая 1945 года).