Родился 20 октября 1905 года в деревне Городище ныне Шимского района Новгородской области в крестьянской семье. Русский. После  окончания 2-х классов  сельской школы работал в своей деревне. С 1927 по 1930 год проходил действительную срочную службу в армии. Там стал командиром отделения. После демобилизации жил в Ленинграде, работал обмотчиком на заводах «Севкабель» и «Электроаппарат», окончил рабфак Ленинградского государственного университета. В 1935 году был вновь призван в армию, окончил курсы усовершенствования командного состава (КУКС) при Ленинградском инженерном училище. Служил вблизи западной границы в инженерном подразделении командиром взвода, затем начальником штаба батальона.

Во время Великой Отечественной войны в действующей армии – с  июня 1941 года. Сражался на  Западном и Юго-Западном фронтах. С 1942 года воевал в 100-м отдельном моторизованном понтонно-мостовом батальоне,  26 февраля 1943 года включенном в состав вновь сформированной 5-й понтонно-мостовой бригады.

С  29 января по 18 февраля 1943 года на Юго-Западном фронте участвовал в Ворошиловградской наступательной операции.

В ходе операции 100-й отдельный моторизиованный понтонно-мостовой батальон под командованием капитана Я.Т.Клочкова под непрерывной бомбежкой построил переправу через реку  Северский Донец; капитан Я.Т.Клочков, обеспечивая боевые действия 25-го танкового корпуса, организовал создание прохода для танков в условиях глубокого рейда и сумел вывести свой батальон из-под удара вражеских танков. Был награжден орденом Красной Звезды.

В составе 5-й понтонной мостовой бригады на Юго-Западном фронте участвовал в Изюм-Барвенковской наступательной операции (17 – 27 июля 1943 года).

17 июля 1943 года батальон майора Я.Т.Клочкова обеспечивал переправу войск 33-го стрелкового корпуса через Северский Донец. Майор Я.Т.Клочков сумел навести мост под огнем противника в течение 3,5 часов. (на 1,5 часа раньше срока) и обеспечил переправу 2-х стрелковых корпусов, 3-х танковых полков и минометной бригады, тем самым обеспечил прорыв обороны противника на правом берегу реки Северский Донец.
Был награжден орденом Отечественной войны 2-й степени.

С 13 августа по 22 сентября 1943 года  Я.Т.Клочков участвовал в Донбасской стратегической наступательной операции, в ходе которой войска Юго-Западного фронта к 22 сентября отбросили противника за Днепр на участке Днепропетровск – Запорожье.

Особо отличился при форсировании Днепра.

В ночь на 26 сентября 1943 года под огнём противника обеспечивал переправу войск через Днепр в районе села Губенское (Вольнянский район Запорожской области). Лично управляя катером, майор Я.Т.Клочков буксировал  понтоны с десантом и боевой техникой на правый берег реки. Был трижды ранен и умер от ран 26 сентября  1943 года.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 марта 1944 года за умелое командование подразделением, мужество и героизм, проявленные при форсировании Днепра, майору Клочкову Якову Тимофеевичу присвоено звание Героя Советского Союза (посмертно).*

Похоронен в городе Синельниково Днепропетровской области (Украина) у школы № 6.

Награжден орденами Ленина (19.03.1944), Отечественной войны 2-й степени (8.08.1943), Красной Звезды (1943), медалями.
………………..
* По данным сайта «Мемориал» (Именной список безвозвратных потерь инженерных войск Юго-Западного фронта), Я.Т.Клочков умер от ран 26.09.1943 года. Это подтверждается также описанием подвига в наградном листе.

В ночь с 25.09.43 года 100-й понтонно-мостовой батальон обеспечивал форсирование реки Днепр на участке хутор Губенский. Тов. Клочков сумел организовать работу своего батальона и обеспечить успешное форсирование реки Днепр. В сложной обстановке боя  тов. Клочков проявил исключительное мужество и геройство. Когда противник открыл массированный огонь из всех видов оружия по пункту переправы, тов. Клочков лично повел катер с понтонами, лавируя между разрывами артиллерийских снарядов и мин, преодолевая сплошную зону ружейно-пулеметного огня. Получив 4 пулевых ранения в область грудной клетки, сумел достичь противоположного берега, руководил высадкой десанта, где вторично получил 3 осколочных ранения  также в области грудной клетки.
Одновременно был поврежден катер и ранен катерист. Тов Клочков отдал приказание катеристу заделывать пробоины в катере, а сам, истекая кровью, повел катер к исходному берегу. Противник обрушил всю массу огня, и в третий раз тов. Клочков получил ранение, которое было смертельным. Борясь со смертью, тов. Клочков довел катер до исходного берега и только тогда, когда он оставил штурвал и вышел на берег, силы оставили его, и он скончался.

За проявленное мужество и геройство тов. Клочков достоин посмертного присвоения звания Героя Советского Союза.

Заместитель командира 5-й понтонно-мостовой бригады подполковник Шило
28 сентября 1943 года