Родился 25 апреля 1919 года в селе Рыкань ныне Новоусманского района Воронежской области в крестьянской семье. Русский. Окончил 4 класса школы в селе Рыкань. Работал в колхозе. Призван в армию в 1939 году.

Во время Великой Отечественной войны в действующей армии с октября 1941 года. В 1942 году окончил командирские тактические курсы «Выстрел».

Сражался на Западном, Донском, Воронежском, 1-м Украинском, 1-м Прибалтийском фронтах в разведывательных подразделениях.

На Донском фронте в составе 23-й стрелковой дивизии 1-го формирования 65-й армии участвовал в контрнаступлении под Сталинградом.

19 декабря 1942 года командир взвода пешей разведки 117-го стрелкового полка лейтенант В.М. Худяков во главе разведгруппы с задачей захвата контрольного пленного проник на оборонительную позицию противника, напал на землянку, где находилось 6 вражеских солдат. Группа взорвала землянку, уничтожила 5 солдат, одного захватила в плен и доставила в часть. Разведгруппа потерь не имела. За этот поиск В.М. Худяков был награжден медалью «За отвагу».

30 декабря 1942 года, находясь в разведке в районе высоты Казачий Курган (Калачевский район ныне Волгоградской области), во главе  разведгруппы в 13 красноармейцев ворвался в траншею, обороняемую вражеской пехотой численностью до роты. В рукопашной схватке группа уничтожила 12 гитлеровцев и 9 взяла в плен с их оружием. Был награжден орденом Красной Звезды.

Особо отличился при освобождении Литвы в ходе Мемельской наступательной операции – составной части Прибалтийской стратегической операции.

При прорыве вражеской обороны на реке Дубисса 5 октября 1944 года во главе своей роты ворвался в траншеи противника в районе местечка (ныне город) Кельме и захватил более 40 пленных; 6 октября с группой разведчиков проник в Кельме и захватил вражескую артиллерийскую батарею, 7 октября 1944 года погиб в бою в районе фольварка Плущяй (Кельмеский район).

Похоронен на воинском кладбище в городе Кельме (Литва).

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство гвардии капитану Худякову Василию Митрофановичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.

Награжден орденами Ленина (24.03.1945), Красной Звезды (13.01.1943), медалями, в том числе «За отвагу» (6.01.1943).

Памятный камень установлен в населенном пункте Плущяй, мемориальная доска – в селе Рыкань, на здании средней общеобразовательной школы, носящей его имя. В районном центре Воронежской области Новая Усмань установлен бюст Героя.

5 октября 1944 года при прорыве обороны немцев на реке Дубисса Кельменского уезда Литовской ССР тов. Худяков во главе разведроты ворвался в траншеи с задачей захвата контрольных пленных. Выбив из траншеи немцев, в период преследования захватил 46 пленных солдат и офицеров противника.

6.10.1944 года при овладении м. Кельмы тов. Худяков с группой разведчиков первым просочился в город, захватил артиллерийскую батарею, которая вела огонь прямой наводкой по нашей наступающей пехоте, уничтожил до 40 немцев, в среде немецкого гарнизона создал панику, захватил 56 солдат и офицеров в плен.

7.10.1944 года тов. Худяков, ведя разведку в направлении отступающего противника с группой 10 человек, в районе северо-восточнее фл. Плуще наткнулся на засаду противника, состоящую из 2 танков и до 30 человек пехоты. Завязался неравный бой. Подбил танк и до 15 человек пехоты. В это время стоявший в засаде «Фердинанд» выстрелил прямой наводкой в группу храбрецов. Тов. Худяков был смертельно ранен и в предсмертные минуты сказал: «Скажите нашим, чтоб скорее пришли, не дайте гадам уйти живыми с нашей земли».

За исключительно проявленный героизм в боях с немецкими захватчиками на подходе к прусской границе, презрение к смерти тов. Худяков заслуживает высшего правительственного отличия – присвоения звания «Герой Советского Союза».

Командир 3 гвардейской стрелковой Волновахской Краснознаменной дивизии гвардии генерал-майор Токарев

7 октября 1944 года